Le Maroc a, jusqu'au cessez-le feu de septembre 1991, dépensé entre 1,5 et 2 millions de dollars par jour pour sa seule présence militaire au Sahara sans pouvoir l'emporter définitivement. Il a, entre autres, érigé un "mur de sable" qui protège les 85% du territoire contrôlé par le Maroc. Cette situation a mené les autorités marocaines à rechercher une solution politique au problème. C'est ainsi que l'hypothèse du référendum - longtemps refusée "parce qu'il n'aurait pas eu de sens de demander à des Marocains s'ils étaient marocains" - a finalement été acceptée par le Maroc. Les investissements énormes du Maroc pour la population locale apparaissent à cet égard comme une véritable campagne électorale. Le Polisario, quant à lui, a toujours souhaité un référendum sous contrôle des Nations Unies, qu'il aurait voulu sans présence de l'armée marocaine

Une question délicate est de savoir qui pourra prendre part à ce référendum. La base acceptée par tous est la liste de ceux dont les noms figurent dans le recensement espagnol de 1974, dont la liste a été déposée aux Nations Unies, ainsi que leurs descendants. Le Polisario souhaite y ajouter ceux des exilés de Tindouf qui n'ont pas de parents sur cette liste, tandis que Rabat veut y inclure près de 200.000 personnes habitant le Maroc et qui, selon lui, seraient venues s'y établir jadis pour fuir le colonisateur espagnol.

Les Nations Unies sont présentes sur le terrain depuis 1991 avec une mission de 400 hommes, la MINURSO, qui dispose d'un budget annuel de 30 millions de dollars pour préparer le référendum. Reporté à de nombreuses reprises, celui-ci est maintenant prévu pour le premier trimestre 2000.

Alors que le Maroc et le Polisario ont tous deux accepté le principe du référendum comme issue au conflit, ils ne sont toujours pas d'accord sur ceux qui pourront prendre part à la consultation. 147.000 votants acceptés par les deux parties ont déjà été identifiés par la Minurso mais l'éligibilité des membres de trois tribus, représentant quelques 65.000 personnes environ, reste en discussion.

Un nouvel élément vient hypothéquer le résultat de cette consultation et pourrait inciter le Maroc à la reporter indéfiniment, à savoir l'antagonisme croissant entre les Sahraouis pro-marocains et les nombreux Marocains venus s'installer dans la région (ces derniers constitueraient par exemple 70% de la population d'El-Ayoun ...). Des incidents ont éclatés à plusieurs reprises entre les deux populations, notamment les 22 et 23 septembre 1999 (suite à ceux-ci, 27 Marocains ont été condamnés à des peines de dix à quinze ans de prison ferme).